培训课程
第25期小班:脑结构数据分析-Freesurfer专题培训
2021.07.27-2021.08.01(周二~周日)
主办单位:杭州脑海科技有限公司
协办单位:杭州师范大学心理科学研究院
杭州拾睿科技有限公司
1. 内容概括
1) 本期培训班在杭州举办为期6天(7月27日-8月01日)
2) 重点内容(详细内容见课表):
l Freesurfer介绍、分割及皮层编辑
l Freesurfer形态学指标解读及实操
l Freesurfer计算皮层厚度、灰质核团体积以及组分析
l Freesurfer和AFNI的联动分析
l Freesurfer结果质量控制
l Freesurfer常用分区模板的解析及分区指标提取实操
l 通过freeview对结果进行可视化
l 基于体素的形态学分析
2. 课程说明
磁共振成像近年来凭借其非侵入性、无辐射的优势被广泛应用于脑科学的研究中。结构磁共振成像具有图像清晰及高对比度等特点,基于结构磁共振成像可以分析大脑的灰质及白质结构,诸如灰质体积、白质体积等,亦可创建的人脑宏观可见的结构模型,进而构建大脑皮层的表层来量化人脑的功能、连接以及结构属性,并能得到皮层厚度、皮层面积等解剖参数,对研究人脑结构与发育、疾病及可塑性等问题具有非常重要的作用。
为了帮助大家更快速地掌握大脑结构相关的数据分析方法,我们拟举办一期以结构像数据分析为专题的培训班,本培训班会系统的讲解Freesurfer的相关使用。
本课程为期6天,为确保大家在6天内可以充分的掌握内容,我们承诺:每期都会根据学员人数安排充足的助教,保证手把手指导分析数据(注:脑海科技团队一共拥有10余人的助教)。本次培训班兼具原理与操作并辅以晚课实操及复习,相信6天的学习定会对学员有所助益。
注:请提前一天到会场2021年07月26日(13:30 - 20:00)安装软件、熟悉场地、拷贝资料等。
3.课程安排
第1天 周二 7.27 |
臧玉峰 贾熙泽 |
概述及Meta分析 | 9:00-12:00 |
静息态、任务态及相关技术 | |||
脑影像Meta分析及注意事项 | |||
张韬 | 结构像数据整理 | 14:00-17:00 | |
结构像数据初识 | |||
脑影像数据整理及注意事项 | |||
脑影像数据整理实操 | |||
黄国峰 |
[晚上] Linux入门实操及复习 |
18:00-19:20 Linux入门与实操 |
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19:30-21:30 实操复习白天内容 |
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第2天 周三 7.28 |
戴睿 | Freesurfer介绍、分割及皮层编辑 | 9:00-12:00 |
Freesurfer简介 | |||
Freesurfer进行结构像分割和结果查看 | |||
Freesurfer进行皮层编辑 | |||
Freesurfer计算皮层厚度、灰质核团体积以及组分析 | 14:00-17:00 | ||
Freesurfer计算皮层厚度、灰质核团体积等 | |||
Freesurfer组分析和GLM | |||
李仔麒 |
[晚上] 答疑与实操复习 |
18:00-19:20 自由练习与问题答疑 |
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19:30-21:30 实操复习白天内容 |
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第3天 周四 7.29 |
戴睿 | Freesurfer自定义数据提取及将结果用于其他软件 | 9:00-12:00 |
Freesurfer自定义数据提取 | |||
Freesurfer结果应用于其他分析软件 | |||
Freesurfer和AFNI的联动分析 | 14:00-17:00 | ||
Freesurfer和AFNI联动分析任务态数据 | |||
Freesurfer和AFNI联动分析静息态数据 | |||
李仔麒 |
[晚上] 答疑与实操复习 |
18:00-19:20 自由练习与问题答疑 |
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19:30-21:30 实操复习白天内容 |
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第4天 周五 7.30 |
张韬 | 基于体素的形态学分析 | 9:00-12:00 |
基于体素的形态学分析:原理及应用 | |||
横向数据以及纵向数据的形态学分析方法 | |||
CAT12软件应用及形态学指标计算 | |||
形态学指标与临床指标的相关性分析 | |||
基于体素的统计分析及结果呈现 | 14:00-17:00 | ||
一般线性模型介绍 | |||
SPM的二阶分析(T检验) | |||
多重比较校正(FWE,FDR,GRF,Alphasim,TFCE) | |||
图表制作(RESTplus Viewer,MRIcron) | |||
黄国峰 |
[晚上] 答疑与实操复习 |
18:00-19:20 自由练习与问题答疑 |
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19:30-21:30 实操复习白天内容 |
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第5天 周六 7.31 |
胡杨 | Freesurfer结果质量控制 | 9:00-12:00 |
FreeSurfer结果质量控制流程 | |||
FreeSurfer结果的批量检查 | |||
形态学指标解读及实操 | 14:00-17:00 | ||
FreeSurfer默认分区模板介绍 | |||
FreeSurfer默认形态学指标介绍 | |||
FreeSurfer提取lGI指标 | |||
FreeSurfer提取分区指标实操 | |||
李仔麒 |
[晚上] 答疑与实操复习 |
18:00-19:20 自由练习与问题答疑 |
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19:30-21:30 实操复习白天内容 |
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第6天 周日 8.01 |
胡杨 | 分区模板的解读及提取分区指标实操 | 9:00-12:00 |
其他常用分区模板的使用介绍 | |||
使用其他分区模板提取指标实操 | |||
通过freeview对结果进行可视化 | 14:00-17:00 | ||
使用freeview对分区进行可视化 | |||
使用freeview对统计结果进行可视化 |
备注:请各位学员自带笔记本电脑,建议电脑配置:windows 64位系统、8G以上内存、80G以上剩余硬盘空间。请尽量携带Windows电脑,如果只能使用苹果MAC电脑,请提前使用Bootcmap安装windows 64位系统。
4. 讲师介绍
臧玉峰:医学博士,杭州师范大学心理科学研究院执行院长,杭州师范大学附属医院认知与脑疾病研究中心主任,浙江省认知障碍评估技术研究重点实验室主任。1984年于河北医学院获医学学士学位、1991年于天津医学院获神经外科学硕士学位(导师薛庆澄教授)、2002年于北京大学精神卫生研究所获精神病学博士学位(导师王玉凤教授)。曾经从事临床神经外科工作14年,2002年至今先后在中科院自动化所模式识别国家重点实验室、北京师范大学认知神经科学与学习国家重点实验室以及杭州师范大学工作。主要从事静息态功能磁共振计算方法及其在认知与脑疾病的应用研究。提出“局一致性”和“低频振幅”等方法。带领研究团队开发了REST、DPARSF、REST-GCA、RESTplus等软件。合作发表论文100多篇,被引用>28,000次(谷歌学术),有5篇主要作者论文被引用1116-2366次。共同领导多个国际多中心静息态功能磁共振合作研究。2014到2020年连续7年入选Elsevier“中国高被引学者”(神经科学、心理学),2017、2018年入选Clarivate 高被引学者(神经与行为科学)。
戴睿:博士,中国科学院生物物理研究所脑与认知国家重点实验室博士后。研究方向是采用功能磁共振技术研究人类大脑面孔和文字等物体识别的神经机制。擅长采用多体素模式分析方法揭示大脑的信息表征本质。现主持国家自然科学基金和博士后基金各一项,发表多篇SCI论文,并担任Cerebral Cortex, Human Brain Mapping, Neuroimage, Cortex和心理科学进展等多个杂志的审稿人。
胡杨:上海市精神卫生中心助理研究员,以第一作者/共同第一作者发表SCI论文5篇,包括Neuroimage, Human Brain Mapping, Psychological Medicine等,主要从事脑功能网络方面的研究,熟悉常用MRI脑影像数据分析软件,包括FSL/AFNI/FreeSurfer/ANTs/GIFT等。
贾熙泽:杭州脑海科技有限公司首席执行官,杭州师范大学助理研究员,中国心理学会积极心理学专委会委员,具有计算机、心理学及神经科学交叉背景。目前主持国自然青年基金项目1项,并作为主要参与人参与多项国自然科学基金项目。主要研究方向为静息态功能磁共振方法学、脑影像Meta分析以及静息态数据分析软件开发。2013年起负责维护REST系列工具包,并开发了RESTplus,该软件的论文目前已发表于Science Bulletin (影响因子9.5分)。静息态功能磁共振论坛(http://www.restfmri.net)管理员。合作发表SCI文章21篇,其中主要作者11篇(第一作者或通讯作者)。Neural Plasticity杂志的guest editor,Frontiers in Neuroscience(SCI医学2区,3年平均 IF 3.69)、Frontiers in Psychology(SSCI心理学2区期刊,影响因子2.0)以及Frontiers in Psychiatry(SCI医学3区,3年平均IF 3.18)杂志的评审编辑,Journal of Magnetic Resonance Imaging、Frontiers Aging Neuroscience、Brain research、Scientific Report等多个杂志的审稿人,曾多次受邀在国内外重要学术会议介绍静息态磁共振数据分析
张韬:脑海科技高级数据分析工程师
李仔麒:脑海科技高级数据分析工程师
黄国峰:脑海科技高级数据分析工程师
5. 培训说明
培训班限额招生20人,报满截止。我们会按照缴费顺序安排座位,为方便会务安排,报名敬请从速。考虑到疫情原因,本次培训每名学员每天发1个口罩。学员需要提供杭州健康码(支付宝首页搜索‘杭州健康码’)。
6. 培训费用
费用包括培训费、资料费、培训期间提供快餐、饮品以及点心,交通及住宿费用自理,每人3500元。本培训班开具可以报销的正式发票。可以现场刷公务卡,培训期间谢绝录像。可以银行卡转账或支付宝付款,支付宝账号:19941364880,杨会云。
7. 培训地点
培训地点:浙江省杭州市萧山区城厢街道金城路39号紫橙国际创新中心3号楼10楼,脑海科技第3会议室。
8. 报名方式
请将报名回执以及缴费回执发送至srbrain@126.com,我们会联系您。
9. 联系方式
电话咨询:黄国峰 180 7298 0399
微信咨询:黄国峰 180 7298 0399
报名回执表
单位名称(发票抬头) | |
纳税人识别号(税号) | |
发票类型(会议费/培训费) | |
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科室/专业 | |
研究方向 | |
银行信息 |
户名:杭州脑海科技有限公司 账号:3301040160015883146 开户行:杭州银行萧山支行 |
汇款备注 | 第25期小班 |
10. 在线支持服务
脑海科技将为参加培训的学员提供免费的在线支持以及合作服务,确保学员能够熟练掌握脑影像数据处理的相关方法。